O objetivo imediato do PAA é a aquisição dos produtos oriundos da agricultura familiar na hora oportuna, por preço compensador, trazendo segurança e incentivo para o pequeno agricultor, que passa a planejar suas atividades pela perspectiva de um horizonte maior de previsibilidade. A partir desta ação de compra do governo federal, outros objetivos são delineados, tais como os que se seguem.
Ao garantir a compra da produção familiar, possibilita-se maior estabilidade à atividade agrícola e garante-se ocupação e renda ao produtor em seu próprio local, com o que se incentiva a permanência e a inclusão social no campo. Com melhores condições de vida, o agricultor e sua família passam a desenvolver a atividade de forma mais ampla e sistemática, explorando com maior racionalidade o espaço rural.
O pagamento líquido e certo da produção agrícola familiar onde antes somente havia níveis mínimos de atividade de subsistência promove maior geração de renda para os agricultores, contribuindo para atenuar a secular iniqüidade social. Ao mesmo tempo, assegura a circulação de dinheiro na economia da própria região, possibilitando às administrações públicas regionais maior arrecadação de impostos para custeio e investimento.
Os produtos adquiridos dos agricultores familiares são destinados à formação de estoques de segurança e canalizados para populações em situação de risco alimentar - geralmente residentes na própria região onde os alimentos foram produzidos, a exemplo dos acampados da reforma agrária, quilombolas, indígenas, atingidos por barragens e outros segmentos. São também distribuídos para programas sociais públicos, abastecendo creches, escolas, cozinhas comunitárias, restaurantes populares e entidades assistenciais e/ou beneficentes Com isto, eleva-se o padrão nutricional e são construídos vínculos de solidariedade entre os habitantes da região.
Ao se adquirir os produtos agrícolas de uma determinada localidade, o governo passa a valorizar aquilo que muitas vezes é tipicamente regional. Com isto, preserva-se a cultura alimentar local, enriquece-se a gastronomia - que algumas vezes é atrativo turístico - diversificando-a no nível nacional.
O PAA vem incentivando a recuperação e preservação da agrobiodiversidade em diversas regiões do País, por meio de incentivos ao trabalho de organizações dedicadas à agricultura familiar voltadas para este fim. Neste sentido são estimulados sistemas e manejos sustentáveis de cultivos para o desenvolvimento de espécies características das regiões.