Está nas mãos da Conab a operacionalização do PAA, tarefa que veio ampliar e aprofundar suas responsabilidades sociais, ao atuar especificamente com segmentos de agricultores tradicionalmente preteridos pelas políticas públicas.
A gerência do programa está a cargo de um comitê do qual participa, além da Conab, os ministérios da Agricultura, Pecuária e Abastecimento; Fazenda; Planejamento; do Desenvolvimento Agrário e do Desenvolvimento Social e Combate à Fome. Deste último, que absorveu o Programa Fome Zero e do qual faz parte o PAA, é que saem os recursos - especificamente da Secretaria de Segurança Alimentar.
Os projetos do PAA têm a participação dos agricultores e/ou suas organizações (associações, cooperativas, sindicatos, etc) e contam com a participação das prefeituras e até de governos estaduais. Os Conselhos Municipais de Segurança Alimentar aprovam os projetos e assim conferem maior confiabilidade à sua fiscalização e execução.